En 1997/98, los blanquiazules, con un gran equipo formado por jugadores como Alekséi Gerasimenko, Andriy Husin, Yuriy Dmitrulin, y, sobre todo, Andriy Shevchenko y Serhiy Rebrov, cayeron en cuartos de final contra el Juventus de Turín de Paolo Montero, Zinedine Zidane, Didier Deschamps, camiseta barça Filippo Inzaghi y Alessandro Del Piero. Para la temporada 2012-13 el club volvió a hacer una gran inversión económica para clasificarse para la promoción de ascenso a Segunda División A, el Atlético Baleares contó en sus filas para esta temporada con jugadores de la talla de Walter Pandiani, Bjørn Johnsen, Roque Mesa o Jesús Perera pero el equipo transitó por media tabla durante todo el campeonato e incluso llegó a sufrir por mantener la categoría, pues aseguró la permanencia tan solo a dos jornadas para su conclusión.
