La sección de atletismo contó con atletas internacionales y olímpicos, destacando entre ellos al salmantino 12 veces Campeón de España José Luis Sánchez Paraíso. El Eibar se proclamó campeón de la categoría el 7 de junio de 2014, tras perder el R. C. Deportivo de La Coruña por 3-1 ante el Girona F. C. en Montilivi. Desde entonces el juvenil europeísta ha militado entre esta categoría y la Liga Nacional.
